Los depósitos son similares a un préstamo a largo plazo de uno o varios especímenes según los términos definidos en el contrato establecido entre dos instituciones o con un particular.
El depósito puede realizarse por varios motivos:
- Exposiciones
- Estudios
- Gestión cuando el solicitante no dispone de los recursos necesarios
Actualmente se encuentran depositadas en el Museo de Burdeos Ciencias y Naturaleza dos colecciones pertenecientes a la Universidad de Burdeos: una de mineralogía y petrografía (colección R. Gay) y la otra de especímenes en frascos, compuesta principalmente por reptiles y peces.
Asimismo, hay especímenes de las colecciones del Museo de Burdeos Ciencias y Naturaleza depositados en otras instituciones.
Conchas y dientes de peces están depositados para su exhibición en la Reserva Natural Geológica de Saucats-La Brède; otolitos de peces –los huesos del oído– están depositados para su estudio en el Real Instituto Belga de Ciencias Naturales de Bruselas.